Fondé en vertu d'un arrêté du 14 fructidor an VIII, le musée de Bruxelles ouvrit ses portes au même titre que quatorze autres collections départementales, telles que Nantes, Caen, Lille, Strasbourg, Mayence et Genève. Son premier conservateur fut G. J. J. Bosschaert, qui dirigeait l'Académie de peinture, sculpture et architecture. Ce dernier rassembla les oeuvres qui se trouvaient dans le département de la Dyle et procéda avec une commission au choix d'une centaine de toiles aptes à former le fonds initial du musée.
Pour la Belgique, la chute de Napoléon eut d'heureuses répercussions sur le plan muséal : sur les 271 chefs-d'oeuvre emportés en France, une centaine furent alors restitués, en dépit de la violente opposition de Vivant Denon. A l'automne 1815, un long convoi à destination de Bruxelles transportait ainsi -outre les oeuvres destinées au musée bruxellois-  le retable de l'Agneau mystique de Gand, l'Erection et la Déposition de croix de Rubens, à Anvers. Les fourgons arrivèrent le 20 novembre ; le 14 décembre, alors qu'il s'apprêtait à accueillir les toiles destinées à son musée, Bosschaert rendit le dernier soupir.
Le 26 mai 1887, le musée d'Art ancien fut inauguré dans le bâtiment qu'il occupe encore, oeuvre de l'architecte Balat.